A dor da enxaqueca pode ser em qualquer lugar da cabeça e isso pode originar confusão com outras doenças. Por exemplo, dores na face são frequentemente confundidas com sinusite, e às vezes tratadas erradamente como tal, sem bons resultados.
 
A dor pode se localizar na região do pescoço e nuca. Muitas vezes, a dor se inicia nessa região e vai subindo por trás da cabeça (região occipital), até atingir:
 
Testa (região frontal);
Olhos (região orgital);
A área em volta dos olhos (periorbital)
Sobrancelhas (área superciliar), ou logo abaixo (infrasuperciliar) ou acima delas (suprasuperciliar);
Têmporas (“fontes”) (região temporal);
O lado da cabeça (região parietal);
O topo da cabeça (vértex);
O rosto e área dos seios da face;
Dentes.
 
Não é necessário sentir dor em todas essas regiões da cabeça ao mesmo tempo para ser enxaqueca. A dor pode se localizar em uma ou mais dessas regiões, bem como migrar de uma para outra região (muito comum), e afetar apenas um dos lados da cabeça.
 
A dor de cabeça da enxaqueca possui intensidade muito variável, podendo ser desde incapacitante até muito leve. Na verdade, existem casos de crises de enxaqueca sem nenhuma dor de cabeça! Nesses casos, a pessoa pode apresentar, episodicamente, alguns dos demais sintomas da enxaqueca.
 
A dor de cabeça da crise de enxaqueca pode ser em latejamento, pontada, aperto ou pressão para fora (sensação de que a cabeça vai explodir). Pontadas e fisgadas de dor podem, não raro, ocorrer dentro ou até fora das crises.
 
Outros sintomas da enxaqueca
Durante uma crise de enxaqueca, que pode durar entre 3 horas e 3 dias, o indivíduo pode apresentar sintomas como:
 
Náuseas (enjôo);
Vômitos;
Aversão à claridade;
Hipersensibilidade ao barulho e aos cheiros;
Visão embaçada;
Irritabilidade;
Falta de concentração;
Tonturas como se fosse labirintite (sintomas labirínticos);
Obstrução nasal;
Coriza (nariz escorrendo);
Tensão nos músculos da nuca e dos ombros;
Diarréia;
Diurese (vontade frequente de urinar).
 
Um indivíduo não precisa ter todos esses sintomas para ser diagnosticado com enxaqueca. Porém alguns desses sintomas são tão comuns que chegam a ser quase obrigatórios para confirmar o diagnóstico.