Há muito debate sobre os efeitos da cafeína na saúde, e se estes efeitos são positivos ou negativos. A cafeína, particularmente do café, tem sido estudada de perto para determinar onde possa ser benéfica, e em que ela pode causar efeitos indesejáveis​​.

A cafeína é um estimulante. Em adultos saudáveis​​, isto significa que os efeitos da cafeína tenderão a fazer a pessoa se sentir mais alerta, menos sonolenta, e irá temporariamente aumentar o metabolismo. No entanto, uma vez que é um estimulante, um dos efeitos da cafeína é cansaço algumas horas após a ingestão. Se uma pessoa bebe café ou outras bebidas com cafeína durante todo o dia, eles não são susceptíveis a sentir essa queda no humor ou no estado de alerta. A pessoa que bebe bebidas com cafeína somente de manhã, podem se sentir mais cansados ​​ao longo do dia.

Para algumas pessoas os efeitos estimulantes da cafeína podem causar nervosismo, aumento da irritação e/ou falta de sono. A resposta individual varia muito. Alguns grupos de pessoas devem evitar a cafeína completamente. Aqueles com problemas de ritmo cardíaco, a probabilidade de arritmias, ou que têm distúrbios de pânico ou ansiedade, provavelmente, não serão beneficiados com os efeitos da cafeína. De fato, o consumo pode aumentar estes distúrbios.

Outro efeito negativo da cafeína é que é levemente viciante. Aqueles que consomem cafeína em uma base diária regular estão sujeitos a efeitos de abstinência, geralmente se apresentando como uma terrível dor de cabeça e sonolência excessiva. Os efeitos colaterais da abstinência de cafeína tendem a durar de dois a três dias.

Pesquisadores descobriram que a cafeína é realmente de grande benefício para aqueles com enxaqueca ou dores de cabeça frequentes. Medicamentos de balcão como Excedrin ® combinam aspirina, paracetamol e cafeína e são pensados ​​para ser mais eficaz no tratamento de dores de cabeça. Sofredores de enxaqueca frequentes tomam um suplemento de cafeína para os primeiros sinais de uma enxaqueca que se aproxima. Desta forma, os efeitos da cafeína são benéficos.

Os efeitos da cafeína sobre as mulheres em geral têm sido estudados extensivamente para ver se a ingestão de cafeína aumenta os riscos de certos tipos de câncer. Em 1990, três estudos concluíram que o risco de câncer de mama não é aumentado pela cafeína. Outros estudos na década de 1990, também concluíram que o risco de câncer de ovário não aumenta em usuários de cafeína.

Devido à cafeína ter um poder diurético, um de efeitos pode ser desidratação leve. Se alguém consome regularmente bebidas com cafeína, a ingestão de água ou sucos deve ser aumentada. Médicos alertam as pessoas para monitorarem a ingestão de cafeína, especialmente durante um tempo muito quente, ou quando viajam para locais com climas quentes.